Q1. Je souhaite mettre en place une solution informatique de traçabilité dans mon laboratoire. Comment procéder ?

La première étape à réaliser est d'écrire un dossier d'EXPRESSION DE BESOIN. Il s'agit d'un document décrivant les fonctionnalités métiers attendues par la solution à mettre en place.

Nous avons mis au point une trame permettant de poser l'ensemble des  questions menant à la conception de ce document.

N'hésitez pas à nous demander ce document par mail : Demandez la trame.

Q2. Dois-je acheter à Sibio une prestation d'adaptation du logiciel pour qu'il soit utilisable ?

Ce n'est pas forcément nécessaire. SibioCLE, grâce à son interface graphique, est facilement adaptable, et peut même être étendu via son système de plugin sans intervention de Sibio.

Néanmoins, dans le cadre d'une plate-forme fonctionnelle et pour obtenir contractuellement un système efficace, la prestation d'intégration est un gage de réussite. Mais même dans ce cas, plusieurs intégrateurs sont à votre disposition (cf Partenaires).

Q3. Comment est réalisé la connexion entre le SibioCLE et les matériels Scientifiques ?

L'architecture du SibioCLE intègre un module de plugin (Module M20). Celui-ci permet entre autre d'interfacer la plus part des automates¹ de laboratoire, ainsi que des traitements spécifiques à la demande. Chaque plugin est écrit en Perl ou en python et fonctionne grâce à un flux XML.

Afin de réaliser ces plugins plusieurs solutions sont envisageables :

• Ils peuvent être réalisés par les équipes d'intégration de Sibio ou par ses distributeurs,
• Ils peuvent être réalisés après une formation, par des clients ayant des compétences dans un des deux langages (perl ou python)
  

¹ : Hamilton,  BioTom, Imstar, Berthold, Waters Mass Spectrometry, Tecan, Séquenceur, etc ...

Q4. Quels sont les avantages de l'infrastructure de plugin ?

• A la différence des autres Lims, l'interfaçage du SibioCLE avec des appareils scientifiques ne nécessite pas de lourds développements, et peut donc être réalisée rapidement, à faible coûts sans toucher les internes ou les bases du SibioCLE.

• Si vous possédez des compétences en informatique, vous vous sentirez encore plus libre de faire évoluer le logiciel selon vos besoins.

Q5. Comment interfacer le SibioCLE avec mes logiciels scientifiques ?

De la même façon, à l'aide du module M20 de plugins, il est tout à fait possible de communiquer avec la plupart des logiciels scientifiques et/ou de gestion.

Q6. Peut-on produire avec SibioCLE des factures lorsque le laboratoire réalise des prestations de services scientifiques ?

Le sibioCLE génère les éléments utiles pour produire une facture liée à une prestation de services (temps passé, quantité de consommables utilisés, coût d'utilisation des matériels scientifiques).

Un package d'échange avec des ERP permet de transférer ces informations pour créer ensuite la facture sur l'outil de comptabilité. Ce package est aujourd'hui proposé pour la solution SAGE.

Q7. Les composants libres au niveau de la base de données ou du serveur d'application sont-ils de moins bonne qualité que des composants propriétaires ? Pourquoi choisir l'un ou l'autre ?

Il y a en informatique des communautés d'utilisateurs : Il y a ceux qui ne travaillent qu'avec des composants libres et ceux qui ne travaillent qu'avec des produits propriétaires.

Notre application SibioCLE sous Java répond aux attentes de ces deux communautés :

• Pour le monde libre : PostgreSQL (SGBD) + Tomcat (Serveur d'application),

• Pour le monde propriétaire : Oracle (SGBD) + WebSphere/IBM (Serveur d'application).
  

Toute est une question de choix... Parlez-en à vos informaticiens !

Q8. Qu’est ce qu'un cahier de laboratoire papier ou électronique ?

Nous trouvons très intéressant l'étude menée par Chritine Culot pour les FUNDP (les Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix de Namur - Belgique) sur les cahiers de laboratoire. Cette présentation porte à la fois sur les Cahiers de Laboratoire Papier et les Cahiers de Laboratoire Electronique tel que le SibioCLE.

Vous devriez-y trouver de nombreuses réponses à vos questions. Télécharger la présentation.

Q9. Pourquoi tenir un cahier de laboratoire papier ou électronique ?

Nous avons trouvé une réponse assez claire dans le Magazine mensuel du personnel de L'université Libre de Bruxelles - ULBINFO du mois d'avril 2006 (Rubrique " Traçabilité des résultats de la recherche") :

Voici leur réponse :

1. Permettre la bonne réalisation de la recherche et garantir la traçabilité des expériences.
2. Témoigner de la date d'obtention des résultats et d'une preuve d'antériorité dans le cas d'une procédure brevet US (en cas de litige ou dans le cadre d'une procédure de dépôt de brevet, le cahier constitue un élément de référence).
3. Éviter la perte de données.
4. Capitaliser le savoir du laboratoire et faciliter la transmission des connaissances en interne et/ou faciliter le transfert de technologies.
5. S'adapter aux exigences de la recherche internationale et professionnaliser les pratiques liées à la recherche.

Nous vous invitons à lire tout l'article sur le cahier de laboratoire :  Traçabilité des résultats de la recherche.

Q10. Pourquoi mettre en place un système de traçabilité dans mon laboratoire ?

Nous vous invitons à consulter la présentation (Etude de cas) du Dr. P. Zaborski, responsable de l'assurance Qualité et du partenariat de Genexpress, une équipe de génomique fonctionnelle dont l'expérimentation s'articule autour d'une plate-forme microarrays , au sein de l'unité mixte UMR 7091 CNRS/Université P. et M. Curie.

Télécharger la présentation.

Q11. Comment intégrer le Programme SSP (SibioCLE Solutions Partenaires) ?

Vous êtes une société de Bio-informatique, vous avez mis au point une solution qui pourrait interagir avec le progiciel SibioCLE : Contactez-nous, nous vous transmettrons les protocoles d'échanges entre votre application et l'infrastructure de communication du SibioCLE (Module M20).

Q12: What's the different between "Specific ELNs" and "Cross-disciplinary ELNs" ?

ELNs can be divided into two categories :

• "Specific ELNs" contain features designed to work with specific applications, scientific instrumentation or data types.

• "Cross-disciplinary ELNs" or Generics ELNs" are designed to support access to all data and information that needs to be recorded in a lab notebook.

For a large institution, a single cross-disciplinary platform is much lower compared to the support required for several discipline-specific ELN packages.

Q13 : Le SibioCLE fonctionne-t-il sur un ordinateur Mac ?

Nous sommes un des rares éditeurs de Lims / Cahier de Laboratoire Electronique à fonctionner à la fois sur Mac, PC et Linux.  Il faut dire que cela impose un travail permanent de compatibilité entrer ces 3 plateformes.